El protocolo del funeral fue diseñado por la Casa del Rey y la Presidencia del Gobierno

José María Aznar no se cruzó con ningún familiar de las víctimas del 11-M; estaba sentado en un lateral de la catedral de la Almudena, en la parte izquierda del altar, junto a su esposa, Ana Botella. Colin Powell, secretario de Estado del Gobierno de EE UU tampoco; fue colocado en un lateral, en la parte derecha del altar. El protocolo diseñado por la Casa del Rey y Presidencia del Gobierno dispuso el orden de la ceremonia y la situación de los invitados. Los familiares de las víctimas entraron por la puerta principal para acceder directamente a los bancos de la nave central.

En las invitaciones se advertía a los familiares de que debían estar allí antes de las 11.45 horas. Les dieron cinco acreditaciones por víctima para estar dentro del templo y cinco para las sillas situadas en el atrio que la lluvia dejó vacías.

Las autoridades accedieron al templo por una entrada lateral. Los invitados de las Casas Reales y los representantes de los Gobiernos tuvieron que cruzar el altar central para buscar su posición. A su derecha estaban las familias pero ninguno se acercó a ellos. En primera fila los presidentes del Gobierno, francés, alemán y portugués. Más atrás Tony Blair, jefe del Gobierno británico. Todos ellos dieron el pésame a la familia real en una dependencia anexa a la catedral antes de iniciarse la misa.

El Gobierno, los presidentes de las Comunidades Autónomas, los ex presidentes del Gobierno y el alcalde de Madrid y otros representantes del Ayuntamiento de la ciudad se situaron a la derecha del altar, junto a la puerta de entrada al templo. La disposición del protocolo les apartó de las familias que sólo les vieron por las pantallas instaladas en la catedral.

Entre los asistentes figuran los siguientes:

- Jefes de Estado: Gran Duque de Luxemburgo; Príncipe Moulay Rachid, de Marruecos; Georgi Parnavov, de Bulgaria; Príncipe Heredero Regente Haakon de Noruega; Príncipe de Gales; Príncipe Heredero Alberto de Mónaco; Príncipe Heredero Felipe de Bélgica; Príncipe Feisal Bin Al-Hussein y Princesa Alia Al-Feisal de Jordania; Príncipe Heredero Federico de Dinamarca; Jacques Chirac, de Francia; Joan Enric Vives, Copríncipe de Andorra; Adrienne Clarkson, Gobernadora General de Canadá; Arnold Rüütel, de Estonia; Tarja Jalonen, de Finlandia; Carlo A. Ciampi, de Italia; Guido di Marco, de Malta; Jorge Sampaio, de Portugal; Joseph Deiss, de Suiza.

- Jefes de Gobierno: Comisión Europea: Vicepresidenta, Loyola de Palacio; comisario de Asuntos Económicos y Monetarios, Pedro Solbes; Jefe de Gabinete, Luis Planas; director de la representación de la CE en España, José Luis González Vallvé. Argentina: Daniel Scioli, vicepresidente; Albania: Fatos Nano; República Federal de Alemania: Gerhard Schröder; Andorra: Marc Forné; Bélgica: Guy Verhofstadt; secretario de Estado de Asuntos Exteriores y Europeos, Frederique Ries; República Checa: Vladímir Spidla; Eslovaquia: Mijulás Dzurinda; Hungría: Meter Medgyessy; Irlanda: Bertie Ahern; Polonia: Leszek Miller; Reino Unido: Anthony Blair; Rumania: Adrian Nastase; Turquía: viceprimer ministro y ministro de Estado, Abdullatif Sener; ministro de Estado: Besir Atalay; Letonia: vicepresidente Ainara Slesers; Japón: ex primer ministro Yoshiro Mori; director general adjunto de Asuntos Euopeos, Yasuaki Tanizaki; Bosnia Herzegovina: Adnar Terzic; viceministro de Asuntos Exteriores, Lidija Tepic; viceministro de Seguridad, Dragan Mktic.

- Ministros de Asuntos Exteriores y otros: Rumanía: Mircea Dan Geoana, ministro de Asuntos Exteriores; Mihai Nicolae Tanasescu, ministro de Hacienda; Andorra: Juli Monovés; República Checa: viceprimer ministro y ministro de Exteriores, Cyril Svoboda; Estados Unidos: Colin Powell; Lituania: Antanas Valionis; Noruega: Jan Petersen; Países Bajos: Bernard R. Bot; Portugal: Teresa Gouveia; Rusia: presidente del Senado, Sergey M. Mironov. Dinamarca: Lene Espersen, ministra de Justicia; Grecia: Aristotelis Pavlidis, ministro del Egeo y Política de Islas; Islandia: Geir Haarde, ministro de Hacienda; México: Lourdes Aranda Bezaury, subsecretaria de Relaciones Exteriores; Austria: Frank Morak, secretario de Estado de Arte y Medios Comunicación; Suecia: Gunnar Luna, ministro de Asuntos Económicos.